È noto che i valdesi furono lungamente e ferocemente persegui-tati. I processi per eresia, cui seguivano le condanne al rogo, furono tutti istruiti dall'Inquisizione, che fu creata a partire dalla metà del secolo XII. Dopo il 1230 la sua gestione fu affidata agli ordini mendicanti, soprattutto ai frati domenicani, e intorno al 1240 fu introdotta la tortura per estorcere le confessioni, mentre nel 1311 si stabilì che un terzo dei beni degli eretici condannati spettasse di diritto agli inquisitori. I «Tribunali» inquisitoriali istruivano i processi contro gli «eretici» ed emettevano le condanne al rogo, che venivano invece eseguite dal «braccio secolare», cioè dalle autorità civili, in quelli che erano dei veri e propri spettacoli pubblici, chiamati «Autodafé». Tra i più accaniti persecutori dei valdesi si possono annoverare: il domenicano Pietro da Verona, canonizzato San Pietro Martire, che tra 1230 e il 1252 (anno in cui fu assassinato) infierì contro gli eretici della Lombardia; il domenicano Bernardo Gui, autore del famoso «Manuale dell'inquisitore», che nel 1316 fece bruciate vivi numerosi Poveri di Lione; il cistercense Jacques Fournier, eletto papa col nome di Benedetto XII, che tra il 1318 e il 1325 istruì un gran numero di processi in Linguadoca; il frate celestino Pietro Zwicker che imperversò implacabilmente in Germania, in Austria e in Ungheria tra il 1390 e il 1404; il francescano Francesco Borrelli che mandò al rogo decine e decine di valdesi del Delfinato (1380-1393); il legato pontificio Alberto Cattaneo che nel 1488 organizzò la crociata contro i valdesi della Val Pragelato; il domenicano Giovanni da Roma, uomo crudele e corrotto, che nel 1528 scatenò la feroce repressione dei valdesi del Luberon (Provenza).